A SEDUC estruturou seu modelo de gestão por meio de 20 Coordenadorias Regionais de Desenvolvimento da Educação (CREDEs) no interior do Estado, e da Superintendência das Escolas Estaduais de Fortaleza (SEFOR). Essa estrutura tem possibilitado a descentralização da política estadual de educação e garantindo maior organização e controle da gestão.

A atuação das CREDEs e SEFOR aproxima as instâncias de decisão da população local, favorecendo também o processo de implantação das Escolas Estaduais de Educação Profissional.